Zachowanie włączenia antracenu (ANT) w trzech cyklodekstrynach (betacyklodekstryna, hydroksypropylowa betacyklodekstryna iSulfobutylobetacyklodekstryna) został zbadany za pomocą symulacji dynamiki molekularnej (MD). Wyniki MD wykazały, że ANT może spontanicznie wejść do wnęk tych trzech cyklodekstryn. Różnica polega na tym, że po zapakowaniu z sulbutylobetacyklodekstryną, ANT może wchodzić do wnęki tylko przez szeroką krawędź sulbutylobetacyklodekstryny. Następnie badano wpływ 2- hydroksypropyl (HP) i sulphonowanych butylowych (SBE) na strukturę cyklodekstryn, analizując zniekształcenie strukturalne jednostek glukozy każdego cyklodekstryny.
Stwierdzono, że neutralne betacyklodekstryny wykazywały strukturę stożkową, a obecność grup HP lub SBE znacznie wpłynęła na strukturę. Wtórna krawędź zwęża się z powodu odwrócenia jednostki glukozy spowodowanej fluktuacją grupy zastępczej. Gdy ANT został uwzględniony w jamie, konformacja wnęki trzech cyklodekstryn została przywrócona do pewnego stopnia. Jednocześnie grupa podstawna rozciąga się wzdłuż osi wnęki i oddziałuje z cząsteczką gościa.
Analizując interakcję między każdą cyklodekstryną a ANT, stwierdzono, że grupy zastępujące rozszerzyły objętość jamy hydrofobowej. Zarówno grupy podstawników, jak i jednostki glukozy przyczyniają się do interakcji z cząsteczką gościa. Zmiany konformacyjne w pierścieniu cyklodekstryny prowadzą do skurczu wnęki, co może pozwolić mu mocno wiązać się z cząsteczkami mrówkami.
